10.5.1627 bylo v Čechách a na Moravě vyhlášeno obnovené zřízení zemské a probíhala tzv. „Doba temna“ v pobělohorském období od 1620 do 1781, kdy byl vydán toleranční patent, umožňující legální existenci dalších tří křesťanských vyznání. Plná náboženská svoboda se stala skutečností až po vydání tzv. prosincové ústavy v roce 1867.
Během tohoto pobělohorského období odešlo do exilu na 500 tisíc českých protestantů (cca 20 až 25 % obyvatel země) v čele s Janem Ámosem Komenským.
Došlo také k zásadní proměně ve vlastnictví statků. V Čechách byly konfiskacemi postiženy tři čtvrtiny území, na Moravě se jednalo o asi třetinu území. V Čechách z celkového počtu 926 propadlo pobělohorské konfiskaci 435 statků. Na Moravě se konfiskace dotkla více než 150 panství a statků. Majetek protestantů přecházel do rukou stoupenců Habsburků a radikálních katolíků z řad šlechty a církevních institucí.
Během této doby temna byla také mj. habsburskou monarchií v rámci rekatolizace uzákoněna a masově podporována denunciace - tzn. udavačství anonymním či veřejným obviněním (udáním) osoby nebo skupiny osob, zpravidla z nízkých osobních či politických pohnutek, od kterého si udavač sliboval osobní prospěch anebo na něm měl osobní zájem.